依托华南农业大学，国家投资2270万元，建立了国家兽药残留基准实验室（农计函[2004]585号）。建成后的国家级残留基准实验室达到实验室管理规范(GLP)的要求，申请计量认证，符合国际残留实验室标准，成为国家兽药残留研究、兽药残留检测方法制订及复核、兽药安全评价的权威机构。

实验室主要开展以下的工作：（1）开展兽药残留及其检测方法标准的研究，承担新兽药及其制剂在靶动物体内的药代动力学和残留消除研究；（2）参与动物性食品中兽药最高残留限量、休药期的制定和修订；（3）开展抗菌药物残留对胃肠道菌群的影响研究，探索利用抗菌药对细菌的最小无作用剂量和敏感性制定MRLs和风险评估的方法。（4）协助农业部兽医局制定和组织实施残留监控计划，协调省级残留实验室的残留监控和检测工作；（5）承担有关残留项目的最后仲裁检验；（6）组织省级残留实验室定期有针对性的进行比对试验和标准方法考核试验；（7）组织参加国际有关组织的业务培训，承担对省级兽药残留检测单位的技术指导和人员培训；（8）开展建立国家兽药残留数据库工作，普及国际有关残留监控信息，开展国内外学术交流。

实验室主任曾振灵教授，副主任刘雅红教授和黄显会高级兽医师。目前该室拥有实验室总面积达2100m²，各类仪器设备总值2000多万元，实验室现有教学科研人员17人，其中教授9人，博士生导师5人，其中国家杰出青年科学基金获得者、教育部“长江学者计划”特聘教授1名；副教授（含其他副高职称）5人；获得博士学位的12人。近年来承担了包括国家“973”计划项目、教育部“创新团队发展计划”项目、广东省-国家自然科学联合基金重点项目、农业部专项、广东省自然科学基金创新团队项目、国家自然科学基金面上项目等一批科研项目。实验室招收基础兽医学及动物药学专业的硕士及博士研究生，设有博士后流动站。现有在读硕士研究生117人，博士研究生21人。2013年，兽用抗菌药的安全性评价研究科研团队成功入选2013年度教育部“创新团队发展计划”；2015年入选农业部创新团队。